주식의 병합에 따라 발행주식총수와 발행예정주식총수가 감소되고, 그에 따라 회사의 자본의 총액이 감소되므로 이에 관한 변경등기를 하여야 한다. 주식합병의 효력이 발생한 날로부터 본점소재지에서만 2주간 내에 회사를 대표하는 자가 주식병합등기를 신청하여야 한다.
(1) 등기사항
① 발행할 주식의 총수와 그 종류 및 각각의 수
② 1주의 금액
③ 위의 사항이 변경된 뜻과 그 연월일
(2) 첨부서면
① 주권제출의 공고를 증명하는 서면
② 주식병합에 관한 주주총회의사록
③ 관청의 허가를 요할 때에는 그 허가서 또는 인증있는 등본
④ 정관, 법원의 허가 또는 총주주의 동의가 없으면 등기할 사항에 관하여 무효 또는 취소의 원인이 있는 때에는 정관, 법원의 허가서 또는 총주주의 동의서
⑤ 대리인에 의하여 신청할 때에는 그 권한을 증명하는 서면